Termene în 2004 [309139]

CAPITOLUL I

STADIUL ACTUAL AL CUNOAȘTERII

TULPINILOR BACTERIENE IZOLATE CERCETATE

1.1. Argument pentru alegerea temei

Tema lucrării de licență este denumită “Cercetări privind incidența unor tulpini bacteriene cu rezistență la antibiotice izolate de la pacienți cu infecție de tract urinar” și este rezultatul curiozității proprii legate de răspandirea bacteriilor în judetul Teleorman. [anonimizat] a sănătății populațiilor oricăror țări.

[anonimizat], [anonimizat]. [anonimizat]-genitale. [anonimizat], [anonimizat]. [anonimizat], izolare si identificare.

[anonimizat], [anonimizat]., Haemophilus sp. și Staphylococcus aureus. [anonimizat]. [anonimizat], dar sunt rapid eliminati. Uneori, insa, [anonimizat]-se si provocand infectii. Studiile arata ca in 90% [anonimizat].

[anonimizat], nu au conditiile necesare pentru a putea preveni sau trata aceste infectii. [anonimizat] o [anonimizat], controversata si sensibila pentru zonele rurale.

[anonimizat], in special a [anonimizat] a aduce la cunostinta faptul ca trebuie initiate programe de sustinere a [anonimizat], iar ulterior pe plan mondial.

1.2. [anonimizat], în aproape toate mediile în care există viață. [anonimizat], [anonimizat], [anonimizat]. și Moraxella uretralis. [anonimizat].

Caracteristicile bacteriilor gram negative:

Prezintă: o membrană celulară internă (citoplasmatică), un strat subțire de peptidoglican;

Prezintă o [anonimizat];

[anonimizat];

Între membrană exterioară și cea citoplasmatică este prezent un spațiu umplut cu o [anonimizat];

Stratul S este atașat mai bine de membrana exterioară decât de stratul de peptidoglican;

[anonimizat];

[anonimizat] specifici bacteriilor gram pozitive;

De coloana polizaharidelor sunt atașate lipoproteinele;

Unele pot conține lipoproteine Braum, care au rolul de a stabili legătură covalentă dintre membrană exterioară și lanțul peptidoglican;

Majoritatea, cu foarte puține excepții nu formează spori.

1.2.1. Escherichia coli

Tabelul 1.1

Clasificarea științifică a bacteriei Escherichia coli

Escherichia coli (cunoscută și sub numele E. coli) reprezintă cel mai studiat organism procariot, fiind o specie importantă în domeniile biotehnologiei și microbiologiei, unde a servit ca gazdă pentru multe lucrări cu ADN recombinat.

Această este o bacterie coliformă, gram-negativă, anaerobă, în formă de tijă de aproximativ 2,0 µm și diametrul de 0,25-1,0 µm. Această bacterie gram negativă posedă fimbrii adezivi și un perete celular, care constă într-o membrană externă ce conține lipopolizaharide, un spațiu pleriplasmatic, cu un strat de peptidoglican și o membrană citoplasmatică internă.

Unele tulpini sunt piliate și capabile să accepte și să transfere plasmidă la și de la alte bacterii. O astfel de proprietate, permite bacteriei E. coli să poată fi supusă unor condiții de stres variate.

Majoritatea tulpinilor de E. coli sunt inofensive. Bacteria se găsește frecvent în intestinul inferior al organismelor endoterme. Tulpinile inofensive fac parte din flora normală intestinului și gazdele lor pot beneficia de producerea vitaminei K2 și a prevenției colonizării intestinului cu bacterii patogene. Astfel Escherichia coli și gazdă pot avea o relație de simbioză.

Bacteria este expulzată în exterior prin materiile fecale, crescând semnificativ în cele proaspete, în condiții aerobe timp de 3 zile, însă numărul acestora scade după aceea. Celulele de E. coli pot supraviețui în afară corpului pentru o perioada limitată de timp.

E. coli are un singur cromozom circular de aproximativ 4600 kb, adică circa 4300 de secvențe potențiale de codificare, uneori aflându-se împreună cu o plasmidă circulară. 70% din cromozom este alcătuit din gene singulare (monocistronice), iar 6% este policistronic. Aproape 30% din ferestrele de citire deschise secventiate sunt considerate că ar putea fi gene de codificare a proteinelor, dar ale căror funcții nu sunt încă cunoscute. ADN-ul sau cromozomial a fost complet secventiat de către cercetători.

Specia Uropathogenic E. coli (UPEC) este una dintre principalele cauze ale infecțiilor tractului urinar.

1.2.3. Klebsiella

Tabelul 1.2

Clasificarea științifică a bacteriilor

Klebsiella oxytoca și Klebsiella pneumoniae

Klebsiella este un gen de bacterii nonmotilice, gram-negative, oxidase-negative, în formă de tijă, cu o capsulă pe baza de polizaharidă proeminentă. Este numită după microbiologul german Edwin Klebs.

Speciile Klebsiella se găsesc peste tot în natură. Se crede că aceasta se datorează unor subliniere distincte care dezvoltă adaptări specifice nișelor, cu adaptări biochimice asociate, care le fac mai potrivite pentru un anumit mediu. Ele pot fi găsite în apă, sol, plante, insecte, animale și oameni.

Speciile Klebsiella se găsesc în mod obișnuit în nasul, gură și tractul gastro-intestinal uman ca flora normală; Totuși, ele se pot comporta și ca agenți patogeni umani oportuniști. Este cunoscut faptul că speciile Klebsiella infectează și o varietate de alte animale, atât ca flora normală, cât și ca agenți patogeni oportuniști. Organismele de Klebsiella pot duce la o gama largă de stări de boală, în special pneumonie, infecții ale tractului urinar, septicemie, meningită, diaree și infecții ale țesuturilor moi.

Klebsiella pneumoniae este cea mai frecvența cauza a infecțiilor nosocomiale ale tractului respirator și a infecțiilor precoce cu terapie intensivă, iar cea de-a două – cea mai frecvența cauza a bacteremiei gram-negative și a infecțiilor tractului urinar.

Izolatele rezistente la medicamente rămân un important agent patogen bacterian dobândit în spital, contribuie în mod semnificativ la șederea spitalului și sunt deosebit de problematice în zonele medicale cu impact sporit, cum ar fi unitățile de terapie intensivă. Această rezistență antimicrobiană este considerată a fi atribuită în principal pompelor cu efluție multiplă. Capacitatea lui Klebsiella pneumoniae de a coloniza mediul spitalicesc, inclusiv covoare, chiuvete, flori și diverse suprafețe, precum și pielea pacienților și a personalului spitalicesc, a fost identificată ca un factor major în răspândirea infecțiilor dobândite în spital.

Klebsiella pneumoniae este un bacil gram negativ, imobil, capsulat (capsula mucoasă are un rol important în patogenitate și conferă caracterul mucos al coloniilor pe mediul de cultură solid (fig.); prezintă mai multe variante antigenice ale structurii capsulare (AgK).

Klebsiella oxytoca se găsește în mod normal în intestine și este necesar pentru funcția intestinală normală. Bacteriile Klebsiella colonizează de obicei persoanele cu sisteme imunitare slăbite. Din acest motiv, infecțiile tractului urinar Klebsiella oxytoca apar adesea la pacienții spitalizați sau la cei deja bolnavi. Klebsiella oxytoca este o bacterie facultativă anaerobă, gram-negativă, în formă de tijă, în familia Enterobacteriaceae. Infecțiile cu această bacterie pot duce la sepsis, infecții ale tractului gastro-intestinal și ale cailor respiratorii.

1.2.4. Enterobacteriaceae

Tabelul 1.3

Clasificarea științifică a familiei

Enterobacteriaceae

Enterobacteriaceae este o familie mare de bacterii gram-negative care include, împreună cu numeroși simbioți inofensivi, mulți dintre agenții patogeni mai cunoscuți, cum ar fi Salmonella, Escherichia coli, Yersinia pestis, Klebsiella și Shigella. Alte bacterii care cauzează boală în această familie includ Proteus, Enterobacter, Serratia și Citrobacter.

Membrii Enterobacteriaceae sunt în formă de tijă și au în mod tipic o lungime de 1-5 μm. Ele apar ca mici colonii gri pe geloză sânge. Ca și alte proteobacterii, enterobacteriile au pete gram-negative și sunt anaerobe facultative, zaharuri fermentatoare pentru a produce acid lactic și diverse alte produse finale. Majoritatea reduc, de asemenea, azotatul la nitrit, deși există excepții. Spre deosebire de cele mai multe bacterii similare, enterobacteriile nu au în general oxidază citocrom C, deși există excepții. Majoritatea au mai multe flageluri utilizate pentru a se deplasa, dar câteva genuri sunt nonmotile. Ele nu sunt formate de spori. Reacțiile de catalază variază între Enterobacteriaceae.

Au fost izolate câteva tulpini Enterobacteriaceae care sunt rezistente la antibiotice, inclusiv carbapenemele, care sunt adesea revendicate ca "ultima linie de apărare a antibioticelor" împotriva organismelor rezistente. De exemplu, unele tulpini de Klebsiella pneumoniae sunt rezistente la carbapenem.

1.2.3. Alte bacterii gram negativ

Tabelul 1.4

Clasificarea științifică a bacteriei

Acinteobacter baumanii

Acinetobacter baumanii

Acinetobacter este un gen de bacterii gram-negative, aparținând clasei mai largi de Gammaproteobacteria. Specii de Acinetobacter sunt oxidază-negativi, prezintă motilitate de spasm, și apar în perechi sub mărire. Ele sunt organisme solide importante, unde contribuie la mineralizarea, de exemplu, a compușilor aromatici. Specii de Acinetobacter sunt o sursă principala de infecție la pacienții debilități în spital, în special specia Acinetobacter baumannii.

Specii din genul Acinetobacter sunt bacili gram-negativi strict aerobi, nefermentativi. Ele prezintă mai ales o morfologie coccobacilara pe agar neselectiv. Tijele predomină în medii fluide, în special în timpul creșterii timpurii. Morfologia speciilor Acinetobacter poate fi destul de variabilă în probele clinice umane colorate gram și nu poate fi utilizată pentru a diferenția Acinetobacter de alte cauze comune ale infecției. Deși sunt oficial clasificate ca nefermentatoare de lactoză, ele sunt adesea parțial fermentate cu lactoză când sunt cultivate pe geloză MacConkey. Ele sunt oxidaze-negative, catalază-pozitive, indole-negative, nonmotile și de obicei nitrate-negative.

Tabelul 1.5

Clasificarea științifică a bacteriei

Chryseobacterium indologenes

Chryserobacterium indologenes

Chryserobacterium indologenes este o tijă filamentoasă, nemodificată, gram-negativă și poate fi găsită în sol, plante, alimente și surse de apă, inclusiv cele găsite în spitale. Această bacterie este, de asemenea, un chemo-organotrof facultativ anaerob.

Chryserobacterium indologenes a fost izolată pentru prima dată dintr-o probă clinică și descriși în 1983. Acesta este cel mai frecvent izolat din specimenele umane, dar are o semnificație clinică rară.

Chryserobacterium indologenes sunt rezistenți la o mare varietate de agenți antimicrobieni. Datorită creșterii numărului de cazuri de Chryserobacterium indologenes în spitale sunt necesare mai multe eforturi pentru a izola și a determina rolul pe care îl joacă acest organism în boală.

Chryserobacterium indologenes este o bacterie de țesut gram-negativ cu tijă filamentoasă de diametru de aproximativ 0,5 pm și o lungime de 1,0 – 3,0 pm. Tijele au capete rotunjite și lături paralele, dar nu s-au efectuat studii de microscopie electronică, așa că sunt puține informații despre structura fină.

Coloniile sunt circulare, convexe, întregi, netede și cu diametrul de până la 2 mm, cu un miros aromat. Coloniile de Chryserobacterium indologenes sunt galbene și sunt mai subțiri în porțiunile centrale decât în porțiunile periferice. Chryserobacterium indologenes au fost documentați pentru a provoca bacteriemie la pacienții spitalizați.

Tabelul 1.6

Clasificarea științifică a bacteriei

Enterobacter cloacae

Enterobacter cloacae

Enterobacter cloacae este o bacterie gram-negativă, bacteriană în formă de trompetă anaerobă, clinic semnificativă. În laboratoarele de microbiologie, Enterobacter cloacae este cultivată frecvent la 30 ° C pe agar nutriti. Este o bacterie gram-negativă, în mod facultativ anaerobă și poartă flagelul peritric. Acesta este oxidază-negativă și catalază-pozitivă.

Infecțiile cu Enterobacter cloacae au cea mai mare rată a mortalității în comparație cu alte infecții cu Enterobacter. Multe dintre probele clinice ale infecțiilor cu Enterobacter sunt greu de distins de alte infecții bacteriene, astfel încât secvență genomului lor ar fi foarte utilă pentru tratarea acestor infecții. Enterobacter cloacae sunt agenți patogeni nosocomi care pot provoca o serie de infecții cum ar fi bacteriemie, infecții ale pielii și țesuturilor moi, infecții ale tractului urinar, endocardită, infecții intraabdominale, artrită septică, osteomielită și infecții oftalmice.

Tabelul 1.7

Clasificarea științifică a bacteriei

Moraxella urethralis

Moraxella urethralis

Genurile Moraxella (inclusiv fostul Branhamella), Acinetobacter, Enhydrobacter aparțin în prezent familiei Moraxellaceae. Genul Moraxella conține în prezent 22 de specii diferite, incluzând Moraxella urethralis.

Speciile Oligella arată ca niște tije mici, care nu depășesc cel mult 1 μm și sunt întâlnite adesea în perechi. Celulele nu au structura moraxelurilor. Acestea sunt non-capsulate, neformatoare de spori și mai ales non-motile, dar unele tulpini de Oligella ureolytica sunt flagelate. Acestea sunt aerobe și cresc pe geloză nutritivă, dar cu adaos de drojdie, autolizat, ser sau sânge. Coloniile pe geloză sângele se dezvoltă destul de încet și mai deschis decât toate speciile recunoscute de Moraxella. Nu se produc pigmenți sau mirosuri. Ele sunt, de asemenea, non-hemolitice.

Speciile Oligella sunt oxidază-pozitive și, de regulă, pozitive prin catalază. Ele nici nu fermentează, nici nu oxidează carbohidrații. Sunt izolate în principal din tractul genito-urinar al oamenilor. În prezent există doar 2 specii din acest gen: Oligella ureolytica și Oligella urethralis.

Tabelul 1.8

Clasificarea științifică a bacteriilor

Proteus vulgaris și Proteus mirabilis

Proteus

Proteus este un gen de proteobacterii gram-negative. Bacteriile de Proteus sunt distribuite pe scară largă în natură ca saprofite, fiind găsite în materie de descompunere a animalelor, canalizare, sol de gunoi, intestin mamalian și fecale umane și animale. Sunt agenți patogeni oportunitici, care sunt responsabili de infecțiile urinare și septice, adesea nosocomiale.

Trei specii – Proteus vulgaris, Proteus mirabilis și Proteus penneri – sunt agenți patogeni umani oportunitici. Proteus include agenți patogeni responsabili de numeroase infecții ale tractului urinar uman. Proteus mirabilis cauzează infecții ale tractului urinar și ale tractului urinar. Cele mai multe tulpini de Proteus mirabilis sunt sensibile la ampicilină și cefalosporine. Proteus vulgaris nu este sensibil la aceste antibiotice. Cu toate acestea, acest organism este izolat mai rar în laborator și, de obicei, îi vizează numai persoanele imunosupresate. Proteus vulgaris apare în mod natural în intestinele oamenilor și într-o mare varietate de animale, în gunoi, sol și ape poluate. Proteus mirabilis, o dată atașat la tractul urinar, infectează rinichiul mai frecvent decât Escherichia coli. Proteus mirabilis este adesea găsit ca organism viu liber în sol și apă.

Tabelul 1.9

Clasificarea științifică a bacteriilor

Pseudomonas aeruginosa Pseudomonas pseudomallei

Pseudomonas

Pseudomonas este un gen de gamaproteobacterii gram-negative, aerobe, aparținând familiei Pseudomonadaceae și conținând 191 de specii descrise în mod valabil. Membrii genului demonstrează o mare diversitate metabolică și, în consecință, pot coloniza o gama largă de nișe.

Pseudomonas aeruginosa este o bacterie comună gram-negativă, în formă de tijă, care poate provoca boli la plante și la animale, inclusiv la oameni. O specie de importantă medicală deosebită, Pseudomonas aeruginosa este un patogen rezistent la mai multe medicamente, recunoscut pentru ubicuitatea să, mecanismele de rezistență intrinsecă la antibiotice și asocierea cu boli grave – infecții cum ar fi pneumonia asociată cu ventilatoare și diferite sindroame de sepsis. Organismul este considerat oportun, în măsură în care infecția serioasă apare adesea în timpul bolilor sau afecțiunilor existente – în special fibroză chistică și arsurile traumatice. Se găsește, de asemenea, în general în imunocompromitat, dar poate infectă imunocompetentul că în foliculită cu cadă fierbinte. Simptomele unor astfel de infecții sunt inflamatia generalizată și septicemia. Dacă astfel de colonizări apar în organele critice ale corpului, cum ar fi plămânii, tractul urinar și rinichii, rezultatele pot fi fatale. Deoarece se dezvoltă pe suprafețe umede, această bacterie se găsește și pe și în echipamente medicale, incluzând catetere, provocând infecții încrucișate în spitale și clinici. Pseudomonas aeruginosa nu este extrem de virulentă în comparație cu alte specii bacteriene patogene majore – de exemplu Staphylococcus aureus și Streptococcus pyogenes – deși Pseudomonas aeruginosa este capabilă de colonizare extinsă și poate agregă în biofilme durabile.

Pseudomonas pseudomallei este o bacterie gram-negativă, bipolară, aerobă, motila în formă de tijă. Infectează oamenii și animalele și provoacă boală melioidoză. Este, de asemenea, capabila să infecteze plantele. Pseudomonas pseudomallei măsoară 2-5 μm în lungime și 0,4-0,8 μm în diametru și este capabil de auto-propulsie folosind flagelul. Bacteriile pot crește într-un număr de medii artificiale cu nutrienți, în special cele care conțin betaine și arginină.

Pseudomonas pseudomallei nu este pretențioasă și crește pe o mare varietate de medii de cultură (geloză sânge, agar MacConkey, EMB, etc.). Culturile devin, în general, pozitive în 24-48 de ore (această viteză de creștere rapidă diferențiază organismul de Pseudomonas pseudomallei, care de obicei durează cel puțin 72 de ore să crească). Coloniile sunt încrețite, au un aspect metalic și au un miros de pământ. Pe colorația gram, organismul este o tijă gram-negativă cu un aspect caracteristic "pinii de siguranță". La testarea sensibilității, organismul pare foarte rezistent (este rezistent în mod inerent la un număr mare de antibiotice, inclusiv colistină și gentamicină) și care îl diferențiază din nou de Pseudomonas pseudomallei, care, în contrast, este extrem de sensibil la un număr mare de antibiotice.

Stenotrophomonas

Tabelul 1.10

Clasificarea științifică a bacteriei

Stenotrophomonas maltophilia

Stenotrophomonas este un gen de bacterii gram-negative. Cu speciile variind de la organismele comune de sol la patogeni umani oportuniști (S. maltophilia), taxonomia moleculară a genului este încă oarecum neclară.

Stenotrophomonas maltophilia este o bacterie aerobă, nonfermentativa, gram-negativă. Este o bacterie neobișnuită și infecția umană este dificil de tratat. Stenotrophomonas maltophilia este puțin mai mică (0,7-1,8 × 0,4-0,7 μm) decât alți membri ai genului. Acestea sunt motile datorită flagelului polar. Stenotrophomonas maltophilia este catalază-pozitivă, oxidază-negativă. Stenotrophomonas maltophilia este omniprezent în medii apoase, sol și plante. La pacienții imunocompromisi, S. maltofilia poate duce la infecții nosocomiale.

1.3. Date generale asupra speciilor de coci gram pozitivi cercetati

Bacteriile gram pozitive sunt bacterii care dau un rezultat pozitiv în testul de coloratie gram, care este utilizat în mod tradițional pentru a clasifică rapid bacteriile în două categorii largi, în funcție de peretele lor celular. Bacteriile gram pozitive preiau pată de cristal violet utilizată în test, și apoi au culoare violetă atunci când văzut printr-un microscop. Acest lucru se datorează faptului că stratul gros de peptidoglican din peretele celular bacterian păstrează pată după ce este îndepărtată de restul probei, în faza de decolorare a testului. Gram-negativ bacterii nu poate reține pete violet după etapă de decolorare; Alcoolul utilizat în această etapă degradează membrană exterioară a celulelor gram-negative, făcând peretele celular mai poros și incapabil să rețină pată de cristal violet. Stratul lor de peptidoglican este mult mai subțire și este întărit între o membrană a celulei interioare și o membrană externă bacteriană, determinându-i să preia contrastainul (safranin sau fucsină) și să apară roșii sau roz. În ciuda stratului peptidoglican mai gros, bacteriile gram-pozitive sunt mai receptive la antibiotice decât gram-negativ, datorită absenței membranei exterioare.

În general, în bacteriile gram-pozitive sunt prezente următoarele caracteristici:

Membrana lipidică citoplasmatică

Stratul peptidoglican gros este prezent în acizi și lipoizi teicoici, formând acizi lipoteicoici care servesc ca agenți de chelatizare și pentru anumite tipuri de aderență

Lanțurile peptidoglican sunt reticulate pentru a forma pereți de celule rigide de către o enzimă bacteriană DD-transpeptidază. Un volum mult mai mic de periplasm decât cel al bacteriilor gram-negative.

Doar câteva specii au o capsulă care constă, de obicei, din polizaharide. De asemenea, doar unele specii sunt flagelite, iar când au flagel, au doar două inele bazale pentru a le susține (gram-negative au patru). Ambele bacterii gram-pozitive și gram-negative au în mod obișnuit un strat de suprafață numit un strat S. În bacteriile gram-pozitive, stratul S este atașat la stratul peptidoglican. Specific pentru bacteriile gram-pozitive este prezența acizilor teichoici în peretele celular. Unele dintre acestea sunt acizi lipoteicoici, care au o componentă lipidică în membrana celulară care poate ajuta la ancorarea peptidoglicanului.

În sensul clasic, șase gene gram-pozitive sunt de obicei patogene la oameni. Două dintre acestea, Streptococcus și Staphylococcus, sunt cocci (în formă de sferă). Organismele rămase sunt bacili (în formă de tijă) și pot fi subdivizate pe baza capacității lor de a forma spori.

1.2.2. Staphylococcus aureus

Tabelul 1.12

Clasificarea științifică a bacteriei

Staphylococcus aureus

Staphylococcus aureus este o bacterie gram-pozitivă, în formă rotundă, care este un membru al Firmicutes și se găsește frecvent în nas, în tractul respirator și pe piele. Este adesea pozitiv pentru reducerea catalazei și a nitratilor și este un anaerob facultativ care poate crește fără necesitatea de oxigen.

Deși Staphylococcus aureus nu este întotdeauna patogen, este o cauza obișnuită a infecțiilor cutanate, incluzând abcese, infecții respiratorii cum ar fi sinuzita și otrăvirea alimentelor.

Tulpinile patogene promovează adesea infecțiile prin producerea de factori de virulentă, cum ar fi toxinele proteice puternice, și expresia unei proteine de suprafață celulară care leagă și inactivează anticorpii. Apariția tulpinilor de Staphylococcus aureus rezistente la antibiotice, cum ar fi Staphylococcus aureus cu rezistență la meticilină, este o problemă la nivel mondial în medicină clinică. În ciuda multor cercetări și dezvoltări, nu există vaccin aprobat pentru Staphylococcus aureus.

Staphylococcus aureus poate provoca o serie de boli, de la infecții minore ale pielii, cum ar fi coșuri, sindrom pielii apoase și abcese, la boli amenințătoare de viață, cum ar fi pneumonia, infectie de tract urinar, sindromul șocului toxic, bacteremia și sepsisul. Este totuși una dintre cele cinci cele mai frecvente cauze ale infecțiilor dobândite în spital și este adesea cauza infecțiilor la răni după intervenție chirurgicală.

Tabelul 1.13

Clasificarea științifică a bacteriilor

Streptococcus pyogenes, Streptococcus pneumoniae și Streptococcus viridans

1.2.3. Streptococcus spp.

Streptococus este un gen de bacterii gram-pozitive de coci (sferici) aparținând filumului Firmicutes și a ordinului Lactobacillales (bacterii de acid lactic). Diviziunea celulelor din acest gen se întâlnește pe o singură axă în aceste bacterii, crescând astfel în lanțuri sau perechi, de unde și numele – de la streptos greacă streptos, adică ușor îndoit sau răsucite, ca un lanț (lanț răsucite). Cele mai multe sunt oxidază-negativă și catalază-negativă, iar multe sunt anaerobe facultative. În prezent, peste 50 de specii sunt recunoscute în acest gen. Acest gen a fost găsit a fi parte a microbiomei salivare.

Multe specii streptococice nu sunt patogene și fac parte din microbiota umană comensală a gurii, pielii, intestinului și tractului respirator superior. Specii de Streptococcus sunt clasificate pe baza proprietăților lor hemolitice. Tipurile de α-hemolitic provoacă oxidarea fierului în moleculele de hemoglobină din celulele roșii din sânge, dând o culoare verzui pe agar de sânge. Specii β-hemolitice provoacă o ruptură completă a celulelor roșii din sânge. Pe agar de sânge, aceasta apare ca zone largi de celule sanguine din jurul coloniilor bacteriene. Specii gama-hemolitice nu produc hemoliză. Streptococii β-hemolitic sunt clasificați ulterior prin gruparea Lancefield, o clasificare serotipică. În mediul medical cele mai importante grupuri sunt streptococii α-hemolitic Streptococus pneumoniae și grupul Streptococus viridans și streptococi β-hemolitic ai grupurilor Lancefield A și B (cunoscuți și sub denumirea de "Streptococul A" și "Streptococul B" ).

Streptococcus pneumoniae sau pneumococul este o bacterie gram pozitivă, alfa-hemolitic (în condiții aerobe) sau β-hemolitic (în condiții anaerobe), membru facultativ anaerob din genul Streptococcus. Ca o bacterie patogenă umană semnificativă, S. pneumoniae a fost recunoscută ca o cauză majoră a pneumoniei la sfârșitul secolului al XIX-lea și este subiectul multor studii imunitare umorale.

Streptococcus pyogenes este o specie de bacterie gram-pozitivă. Aceste bacterii sunt aerotolerante și o extracelulare, alcătuite din cocci non-motil și non-sporiți. Este specia predominantă care găzduiește antigenul grupului A din grupul Lancefield și se numește adesea streptococul grupului A. Grupurile A de streptococi, crescute pe geloză sânge, produc în mod obișnuit zone mici de β-hemoliză, o distrugere completă a celulelor roșii din sânge. Streptococcus pyogenes poate fi cultivat pe plăci cu agar sa nguin. În condiții ideale, are o perioadă de incubație de 1 până la 3 zile.

Streptococcus viridans este un grup mare de specii de bacterii gram-pozitive streptococice comensale, care sunt fie α-hemolitice, producând o colorare verde pe plăcile de geloză sânge (de aici numele "viridans", din latină "vĭrdis", verde) sau nehemolitice. Termenul pseudo-taxonomic "Streptococcus viridans" este adesea folosit pentru a se referi la acest grup de specii.

Tabelul 1.14

Clasificarea științifică a bacteriei

Enterococcus faecium

1.2.1. Enterococcus faecium

Enterococcus faecium este un agent patogen uman care cauzează bacteriemie nosocomiala, infecția chirurgicală a plăgilor, endocardită și infecții ale tractului urinar. Habitatul normal include tractul gastro-intestinal al unei multitudini de animale, dar poate fi găsit și în cavitatea bucală și în tractul vaginal.

Enterococcus faecium poate fi extrem de rezistent la medicamente și își obține rezistență la medicament prin plasmide și transpozoni conjugativi, precum și prin gene cromozomiale care codifică rezistență. De asemenea, utilizarea antibioticului poate reduce numărul de alte bacterii intestinale care sunt susceptibile la antibiotic și scăderea competiției pentru Enterococcus faecium rezistent la medicamente.

Are o dimensiune estimată de 2,8 Mbp. Proiectul genomului este încă în construcție și nu a fost complet analizat. Enterococcus faecalis este o rudă apropiată a Enterococcus faecium și genomul sau a fost secventializat și analizat.

Structura celulară a Enterococcus faecium este a unei bacterii gram-pozitive. Celulele gram-pozitive au un strat peptidogican gros, împreună cu acizii teicho și lipoteichoic. Are ADN circular, precum și mai multe plasmide. Metabolismul Enterococcus faecium nu are ciclul Krebs și lanțul respirator și, prin urmare, câștigă energie prin fermentație. Este un anaerob facultativ, ceea ce înseamnă că poate face ATP prin respirație aerobă dacă este prezent oxigenul, dar va utiliza fermentația dacă nu este prezent oxigen.

1.4. Date generale asupra speciilor de fungi cercetati

Fungii sunt microorganisme eucariote, uni sau pluricelulare, heterotrofe, care conțin chitină în peretele celular.

Pentru clasificarea fungilor, criteriul morfologic este cel mai cunoscut și acceptat în micologia medicală. Acesta permite împărțirea fungilor în trei tipuri principale:

filamentosi – microorganisme pluricelulare, cu talul alcătuit din filamente tubulare ce pot fi septate, denumite hife;

levuriformi – microorganisme unicelulare, de formă rotundă sau alungită ce se multiplică în principal prin burjeonare;

dimorfici – o categorie aparte de microorganisme, care pot apărea sub 2 forme, în funcție de condițiile de mediu: formă de levuri se găsește în țesuturile organismelor parazitate sau la 37˚C in vitro, iar formă filamentoasă apare când sunt cultivate la temperatura camerei sau la 30˚C, pe medii uzuale.

Infecțiile fungice și în special cele determinate de levuri au crescut semnificativ în ultimii ani.

1.2.1. Candida

Candida este un gen de drojdii și este cea mai frecvența cauza a infecțiilor fungice la nivel mondial. Multe specii sunt comensale inofensive sau endosimbionte de gazde, inclusiv oameni. Totuși, atunci când barierele mucoasei sunt întrerupte sau sistemul imunitar este compromis, acestea pot invada și cauza boală.

Tabelul 1.15

Clasificarea științifică a bacteriilor

Candida albicans, Candida tropicalis, Candida krusei, Candida parapsilosis și Candida vulgaris

Candida albicans este specia cea mai frecvent izolată și poate provoca infecții (candidoza) la om și la animale. Multe specii se găsesc în flora intestinală, incluzând Candida albicans în gazdele de mamifere, în timp ce altele trăiesc ca endosimbionti în gazdele de insecte. Genomul mai multor specii de Candida a fost secventiat. În timp ce femeile sunt mai susceptibile la infecții genitale de drojdie, bărbații pot fi de asemenea infectați. Anumiți factori, cum ar fi utilizarea prelungită a antibioticelor, cresc riscul atât pentru bărbați, cât și pentru femei. Persoanele cu diabet sau afectarea sistemului imunitar, cum ar fi cele cu HIV, sunt mai susceptibile la infecții cu drojdie.

Candida albicans este un tip de drojdie care este utilizat în mod obișnuit ca organism de model pentru biologie. Este în general menționată ca o ciupercă dimorfica, deoarece crește atât ca drojdie cât și în celule filamentoase.

Candida albicans prezintă o gama largă de fenotipuri morfologice diferite datorită comutării fenotipice și trecerii la tranziție hifă.

Candida tropicalis este o specie de drojdie din genul Candida. Este un patogen comun în gazde neutropaenice, în care se poate răspândi prin fluxul sanguin la organele periferice. Cercetările recente (din septembrie 2016) sugerează că Candida tropicalis, care lucrează sinergic cu Escherichia coli și Serratia marcescens, poate provoca sau contribui la boală Crohn.

Candida krusei este un agent patogen nou, care apare în primul rând la pacienții imunocompromisi și cei cu malignități hematologice. Mortalitatea datorată fungemiei Candida krusei este mult mai mare decât cea mai comună de Candida albicans. Alte specii de Candida care se potrivesc de asemenea acestui profil sunt Candida parapsilosis, Candida glabrata, Candida tropicalis.

Candida krusei crește la o temperatura maximă de 43°C-45°C. Numai Candida krusei poate crește în medii fără vitamine. Cu toate acestea, din speciile Candida care sunt importante din punct de vedere medical, Candida krusei este probabil singură specie care crește pe agar de dextroză de Sabouraud ca o colonie cu o mata sau o suprafață galbenă albă, în contrast cu coloniile convexe ale altor specii de Candida spp. Această caracteristică, împreună cu aspectul "orezului de lungă durata" pe microscopie, ajută la identificarea definitivă a speciilor. O varietate complexă de acizi grași a fost demonstrată ca metaboliti atunci când cultură Candida krusei este cultivată în medii de cultură care conțin lactoză, este de asemenea capabilă să producă un număr de acizi carboxilici cu catenă scurtă când se cultivă în salivă suplimentată cu glucoză; Acestea includ acetat, piruvat, succinat, propionat, formiat și lactat. Rolul biologic al acestora, dacă există, este încă necunoscut.

Candida parapsilosis este o specie fungica a familiei de drojdii, care a devenit o cauza pricipală a sepsisului și a infecțiilor de răni și țesuturi la pacienții imunocompromisi. Spre deosebire de Candida albicans și Candida tropicalis, Candida parapsilosis nu este un agent patogen uman, fiind izolat din surse non-umane, cum ar fi animale domestice, insecte sau sol. Există mai mulți factori de risc care pot ajută Candida parapsilosis să colonizeze gazdă umană. Persoanele imuno-compromise și pacienții chirurgicali, în special cei care au o intervenție chirurgicală a tractului gastro-intestinal, prezintă un risc crescut de infecție cu Candida parapsilosis. În prezent, nu există un consens cu privire la tratamentul candidozei invazive cauzate de Candida parapsilosis, deși abordarea terapeutică include în mod obișnuit extracția oricărui corp străin detașabil și administrarea unui antifungic sistemic.

1.2.2. Cryptococcus sp.

Tabelul 1.16

Clasificarea științifică a genului

Cryptococcus

Cryptococcus (gr. "sfera ascunsă") este un gen de ciuperci. Aceste ciuperci cresc în cultură ca drojdii. Formele sexuale sau teleomorfele speciilor Cryptococcus sunt ciuperci filamentoase din genul Filobasidiella. Numele Cryptococcus se utilizează atunci când se face referire la stările de drojdie ale ciupercilor.

Cryptococcus neoformans este o drojdie încapsulată și o ciupercă aerobă obligatorie, care poate trăi atât în plante, cât și în animale. Teleomorful său este Filobasidiella neoformans, o ciupercă filamentoasă aparținând clasei Tremellomycetes. Acesta se găsește adesea în excrementele de pasăre. Cryptococcus neoformans este un organism fungal încapsulat și poate provoca boală în gazdele aparent imunocompetente, precum și imunocompromise.

Cryptococcus neoformans crește ca o drojdie (unicelulară) și se multiplică prin înmugurire. Face hifele în timpul împerecherii și în cele din urmă creează bazidiospori la sfârșitul hifelor înainte de a produce spori. În condițiile gazdei, incluzând scăderea glucozei, a serului, a dioxidului de carbon de 5% și a fierului scăzut, printre altele, celulele produc o capsulă polizaharidica caracteristică. Recunoașterea ciupercii Cryptococcus neoformans în frotiuri colorate gram ale exudatelor purulente poate fi împiedicată de prezența capsulei gelatinoase mari care aparent împiedică colorarea definitivă a celulelor asemănătoare drojdiei. În astfel de preparate colorate, acestea pot apărea fie ca celule rotunde cu incluziuni gram-pozitive granulare impresionate pe fondul citoplasmatic al levandei palide sau ca corpuri lipoidale gram-negative. Când este crescută ca drojdie Cryptococcus neoformans are o capsulă proeminentă compusă mai ales din polizaharide. Sub microscop, pată de cerneală din India este utilizată pentru vizualizarea ușoară a capsulei în fluidul cerebral spinal. Particulele de pigment de cerneală nu intră în capsulă care înconjoară celulă de drojdie sferică, rezultând o zonă clară în jurul celulelor. Această permite identificarea rapidă și ușoară a Cryptococcus neoformans. Formele morfologice neobișnuite sunt rareori văzută. Pentru identificarea în țesut, petele de mucicarmina asigura o colorare specifică a peretelui celular polizaharidic în Cryptococcus neoformans.

Tabelul 1.17

Clasificarea științifică a bacteriei

Blastomyces dermatitidis

1.2.4. Alti fungi

Blastomyces dermatitidis

Blastomyces dermatitidis este agentul cauzal al blastomicozelor, o infecție fungică, invazivă și adesea gravă, găsită ocazional la om și alte animale în regiunile în care ciuperca este endemică. Organismul cauzal este o ciupercă care trăiește în sol și umedă, care descompune lemnul, adesea într-o zonă în apropierea unei căi navigabile cum ar fi un lac, un râu sau un curs de apă.

Tabelul 1.18

Clasificarea științifică a bacteriei

Malassezia furfur

Desi nu a fost niciodata observata in mod direct in crestere in natura, se crede ca aceasta creste acolo ca o mucegai alb, asemanatoare cresterii observate in cultura artificiala la 25 ° C (77 ° F). Într-un om sau animal infectat, totuși, acesta se transformă în formă de creștere și devine o drojdie cu celule mari. Blastomicoza este, în general, ușor de tratat cu medicamente antifungice sistemice odată ce este corect diagnosticată; Totuși, diagnosticul întârziat este foarte frecvent, cu excepția suprafețelor extrem de endemice.

Malassezia furfur

Malassezia furfur este o ciupercă, în mod special o drojdie, care are o lățime de aproximativ 1,5-4,5 μm și o lungime de 2-6 μm. Este o formă sferică (cocalică) și are o gâtuire distingă la un capăt. Interesant este că Malassezia este, în esență, singură specie de ciuperci care fac parte din flora pe oameni.

Malassezia furfur se crede a fi agentul cauzator în diferite tulburări dermatologice, incluzând Pityriasis versicolor, dermatită seboreică și mătreață. Malassezia furfur se găsește, de obicei, la indivizi cu o singură celulă, dar spre deosebire de celelalte specii Malassezia, furfurul de Malassezia formează filamente atunci când devine formă să patogenă. Ca majoritatea din genul său, Malassezia furfur este o drojdie lipofilă, ceea ce înseamnă că necesită un mediu bogat în grăsimi și uleiuri care să înflorească și să crească cel mai bine în jur de 35°C. Dacă sunt cultivate în cultură, culturile sunt, de obicei, netede și cu smântână în culoare.

Tabelul 1.19

Clasificarea științifică a bacteriei

Pseudallescheria boydii

Pseudallescheria boydii

Pseudallescheria boydii este o specie de ciuperci clasificată în Ascomycota. Această ciupercă a fost implicată în infecția pacienților imunocompromisi cu pneumonie. Formă să asexuala (anamorfa) este Scedosporium apiospermum. Tratamentul infecțiilor cu Pseudallescheria boydii este complicat de rezistența să la mulți dintre agenții antifungici standard utilizați în mod obișnuit pentru a trata infecțiile cu ciuperci filamentoase. Infecția fungică cu Pseudallescheria boydii a ucis trei sportivi răniți în Jocurile Maccabiei din 1997, când, la ceremonia de deschidere, un pod s-a prăbușit în răul Yarkon.

Ciuperca a fost descrisă inițial de micologul american Cornelius Lott Shear în 1922 ca o specie de Allescheria. Speciile au fost transferate în genul Pseudallescheria în 1982, când examinarea specimenelor de tip Petriellidium și Pseudallescheria a arătat că acestea erau aceleași genuri.

Pseudallescheria boydi este o ciupercă saprotrofica cu hife largi care cresc până la 2-5 μm în lățime. Coloniile schimbă culoarea de la alb la maro pal și dezvoltă o textură de bumbac cu maturitate. După o perioada de incubație de 2-3 săptămâni, cleistothecia poate formă conținând asci umplut cu opt ascospores fusiformă, cu un celular cu diametrul de 12-18 × 9-13 μm. Această ciupercă crește pe majoritatea materialelor standard, măturând în 7 zile. Nu poate asimila maltoză sau lactoză. Cu toate acestea, este capabilă să asimileze ureea, asparagină, nitratul de potasiu și azotatul de amoniu. Temperatura optimă pentru creștere este de 25 ° C, iar ciupercă este în general considerată a fi mezofila, deși poate crește la temperaturi mai ridicate (până la 37 ° C). Reproducerea asezuala se manifestă în una din cele două forme: tipul Scedosporium (tipul cel mai comun) și tipul Graphium. Sicalosporium apiospermum formează colonii de culoare alb-gri, cu o inversă gri-negru. Conidiile sunt o singură celulă, maro pal și oval în formă. Dimensiunile lor variază de la 4-9 x 6-10 μm, iar dezvoltarea lor este anelidă.

Tabelul 1.20

Clasificarea științifică a bacteriei

Wangiella dermatitidis

Wangiella dermatitidis

Wangiella dermatitidis este o drojdie neagră termofilă și un membru al Herpotrichiellaceae. În timp ce speciile se găsesc numai în abundență redusă în natură, tulpinile activ metabolic sunt izolate de obicei în saune, băi de aburi și șaibe de spălat vase. Dermatitidul exofila provoacă rareori infecții la om, totuși au fost raportate cazuri în întreaga lume.

Wangiella este o ciupercă saprobică cosmopolită dematioasă care locuiește în sol și material vegetal. Specia Wangiella este un agent ocazional al diferitelor infecții la om.

Singura specie clasificată sub genul Wangiella este Wangiella dermatitidis. Cu toate acestea, poziția taxonomică a acestei specii nu este total consecventă, deoarece unele autorități ar clasifica-o în genul Wangiella ca Wangiella dermatitidis, altele ar prefera să o clasifice în genul Exophiala ca Exophiala dermatitidis.

Rata de creștere este lentă și coloniile sunt inițial umede, strălucitoare, ca niște drojdii devenind catifelate în jurul periferiei după incubare la 25 ° C.

Culoarea coloniei de suprafață este negru la negru de măsline și la fel ca și pe spate.

Hifele aeriene se dezvoltă după trei până la patru săptămâni de incubație.

Wangiella dermatitidis are capacitatea de a crește la temperaturi ridicate, până la 42 ° C și nu asimilează azotatul de potasiu.

Aspectul microscopic:

Sunt prezente hifele septate maronii, conidiophorele, phialidele și celulele de drojdie;

Celulele brune, înfundate, de drojdie sunt dominante în cultura tânără când sunt examinate microscopic, dar pe măsură ce cultura devine mai în vârstă, se formează hifele și phialidele din aceste celule asemănătoare drojdiei;

Phialidele sunt maro, ramificate, în formă de balon în formă cilindrică și fără colaret;

Conidiophorele sunt în mod obișnuit dificil de diferențiat de hifele vegetative;

Conidiile sunt unicelulare, maro, rotunde – în formă de oval, cu dimensiuni cuprinse între 2 – 4 x 2,5 – 6 μm, și se găsesc în grupuri la vârfurile phialidelor și pe părțile laterale ale conidiophores.

Aspergillus niger

Tabelul 1.21

Clasificarea științifică a bacteriei

Aspergillus niger

Aspergillus niger este o ciupercă și una dintre cele mai comune specii din genul Aspergillus. Aceasta provoacă o boală numită mucegai negru pe anumite fructe și legume, cum ar fi strugurii, caisele, ceapa și arahidele, și este un contaminant comun al alimentelor. Este omniprezent în sol și este raportat frecvent din medii interioare, unde coloniile sale negre pot fi confundate cu cele ale Stachybotrys (specii din care au fost de asemenea denumite "mucegai negru").

Aspergillus niger este inclus în Aspergillus, subgenul Circumdati, secțiunea Nigri. Secțiunea Nigri cuprinde 15 specii asociate cu negru, care pot fi confundate cu Aspergillus niger, inclusiv Aspergillus tubingensis, Aspergillus foetidus, Aspergillus carbonarius și Aspergillus awamori.

Aspergillus este mai puțin probabil să provoace boli umane decât alte specii de Aspergillus. În cazuri extrem de rare, oamenii se pot îmbolnăvi, dar acest lucru se datorează unei boli pulmonare grave, aspergiloză, care poate apărea. Aspergiloza este, în special, frecventă printre lucrătorii horticultori care inhalează praf de turbă, care poate fi bogat în spori de Aspergillus.